A infeção por HIV evolui em três fases, em particular na ausência de tratamento. Essas fases são:

Infeção aguda
Infeção crónica
Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (SIDA)
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Infeção aguda
Resulta do contato inicial do vírus com o organismo. Manifesta-se nas primeiras semanas. Os sintomas são pouco específicos e podem ser semelhantes a uma gripe (febre, dor de cabeça, dor de garganta ou dor nas articulações e músculos), com algumas manifestações na pele (erupção cutânea). Nesta fase, a carga viral sobe rapidamente, sendo muito transmissível a outras pessoas. O teste de HIV pode ainda não ser positivo porque não existem anticorpos nesta fase, só antigénios. Quando os anticorpos aparecem começam a controlar parcialmente a carga viral e entramos na infeção crónica.
Infeção crónica
O HIV continua presente no corpo após a fase inicial, reproduzindo-se, embora em concentrações reduzidas. Apesar de ser uma fase em que a pessoa não tem sintomas, continua a poder transmitir o vírus a outras. Sem tratamento, a infeção continua a progredir e após 10-12 anos causa a Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (SIDA).
Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (SIDA)
Trata-se da fase final, quando o sistema imunitário não consegue combater as infeções que afetam o corpo e aproveitam a sua fraqueza (doenças oportunistas). O diagnóstico da SIDA é estabelecido quando uma pessoa com HIV tem uma contagem das células CD4 inferior a 200 células/mm3 e/ou infeções oportunistas.